Jau pirmajā aplī slapjo trasi nespēja sadalīt Mihaels Šūmahers un Romēns Grožāns, atstājot līderpozīcijas "McLaren" un "Red Bull" pilotiem. Alonso izmantoja apjukumu un pacēlās uz piekto vietu pirmajā aplī, kurā līderpozīcijās noturējās Hamiltons.
Pēc pāris pirmajiem apliem lietus pastiprinājās un vairāki piloti izmantoja iespēju apaut ekstrēmam laikam domātās riepas. No līderiem pirmie to izdarīja Džensons Batons un Fernando Alonso. Tostarp no trases izlidoja Romēns Grožāns un līdz ar to pielika punktu lieliski sāktai sacīkstei.
Lietum turpinoties, otrajā sektorā trase tika pilnībā appludināta un ņemot vērā, ka formulas bija noregulētas sausai trasei ar zemu klīrensu, pilotiem radās milzīgas problēmas noturēties uz braucamās daļas. Tāpēc visai loģiski sekoja lēmums laist trasē drošības mašīnu, taču tā kā lietus nepārstāja, tika izkārts sarkanais karogs un sacīkste pārtraukta.
Pēc 45 minūšu pārtraukuma tika nolemts sacīksti atsākt aiz drošības mašīnas. Tobrīd situācija pirmajā desmitniekā bija sekojoša: Hamiltons, Batons, Peress, Vēbers, Alonso, Fetels, Verņs, Masa, Rosbergs un desmitnieku noslēdza Kartikejans no HRT komandas.
Pēc sacīkstes atsakšanas piloti sāka haotisku boksu apmeklējumu kampaņu, lai nomainītu slapjā laika riepas pret pārejas tipa riepām, jo trase pamazām žuva. Boksu apmeklējumu rezultātā vadībā izvirzījās Fernando Alonso, kamēr neveiksme piemeklēja Batonu – sadursmē ar Narainu Kartikejanu nolauza formulas priekšējo antispānu.
Žustošajā trasē labāk jutās piloti, kuru formulas labi taupīja pārejas tipa lietus riepas un tāpēc Serhio Peress varēja izcelties ar vairākiem ātrākajiem apļa laikiem, kamēr grūti laiki pienāca "Mercedes" pilotiem un par Luiss Hamiltons nespēja turēt līdz Alonso un Peresa tempam.
Trasei žustot vēl vairāk, Peress strauji tuvojās Alonso, kurš devās apaut sausā laika riepas un uzdāvināja vadību Peresam, kurš pēc sava boksu apmeklējuma tomēr palika aiz Alonso un turklāt vēl zaudēja vairākas sekundes. Tikmēr aiz līderiem Hamiltons un abi "Red Bull" piloti, uzliekot sausā laika riepas, sāka strauji kāpināt savu tempu.
Tikmēr par Kartikejana HRT priekšējā antispārna upuri kļuva Sebastiana Fetela aizmugurējā kreisā riepa brīdī, kad vācieti par apli apdzina indieti. Tas divkārtējo pasaules čempionu atmeta ārpus pirmā desmita.
Līdz finišam Peresam tā arī neizdevās noķert Alonso, kurš izcīnīja savu pirmo uzvaru kopš pērnā gada Silverstonas sacīkstes. Savukārt Serhio Peress izcīnīja savu pirmo goda pjedestālu un pirmo "Sauber" (nejaukt ar "BMW Sauber") komandas pjedestālu kopš 2003.gada Indianapolisas, kur trešais bija HainssHaralds Frencens. Trešais finišēja Luiss Hamiltons.
Malaizijas GP sacīkstes rezultāti
