Malaizijas Grand Prix kvalifikācijas pirmajā kārtā, kur tika noskaidroti vēl divi braucēji dalībai otrajā kārtā, pārliecinoši labāko laiku uzrādīja iepriekšējā posma uzvarētājs Kels Kračlovs, kamēr otrais palika Loriss Bazs.
Kvalifikācijas otrajā kārtā jau ar pirmo apli lielisku laiku uzrādīja Doviciozo, kurš savus sekotājus pārspēja par pusotru sekundi. 15 minūšu ilgās kvalifikācijas sesijas laikā vairāki braucēji spēja samazināt atstatumu līdz līderim, taču ne pārspēt itāļa laiku.
Valentīno Rosi savā pēdējā lidojošajā aplī izcīnīja otro starta pozīciju rītdienas sacīkstei, aiz sevis atstājot savu komandas biedru Horhi Lorenco, kā arī par šī gada čempionu jau kronēto Marku Markesu.
Kračlovs, kurš savu ātrumu jau bija apliecinājis treniņbraucienos un 1. kvalifikācijas kārtā, piedzīvoja kritienu esot ātrā lidojošajā aplī. Britam gan izdevās piecelt savu motociklu un beigās uzrādīt 5. labāko laiku. Otro starta rindu rīt noslēgs Doviciozo komandas biedrs Andrea Janone.
