Savu profesionāļa karjeru viņš sāka Viļņas "Sakalai" komandā, bet pēc tam pārcēlās uz Viļņas "Lietuvos Rytas". Šiškausks savā basketbolista karjeras laikā spēlējis tādās pazīstamās komandās kā Trevizo "Benetton" no Itālijas, grieķu Atēnu "Panathinaikos", Maskavas CSKA no Krievijas.
2007.gadā ar "Panathinaikos" viņš uzvarēja ULEB Eirolīgā, bet gadu vēlāk to pašu izdarīja jau CSKA komandas sastāvā. Šī gada Eirolīgas čempionātā viņa pārstāvētā CSKA finālā piekāpās citai Grieķijas komandai Pireju "Olympiacos".
Vēl Šiškausks piecas reizes uzvarējis Krievijas čempionātā, bet reizi Grieķijas un Itālijas čempionātā. Tāpat viņš CSKA komandas sastāvā šogad triumfēja VTB līgas turnīrā.
Tikmēr Lietuvas izlases sastāvā Šiškausks 2000.gadā Sidnejas Olimpiskajās spēlēs izcīnīja bronzas medaļas, bet 2003.gadā triumfēja Eiropas čempionātā. Vēl viņš 2007.gadā Eiropas čempionātā tika pie bronzas medaļas, bet 2008.gadā paziņoja par aiziešanu no valstsvienības.
