1999. gada NBA draftā Džinobili otrajā kārtā ar kopējo 57. numuru izvēlējās Sanantonio ''Spurs'', bet līdz 2002. gadam Džinobili spēlēja Itālijas vienībā Boloņas ''Virtus'', pirms tam vēl vienu sezonu pavadot arī ''Viola Reggio Calabria''. Pirms tam karjeras ievadā Manu spēlēja Argentīnas komandās ''Estudiantes de Bahía Blanca'' un ''Andino Sport Club''.
Kopš 2002. gada Džinobili spēlēja Sanantonio ''Spurs'', un tiešajā komandā Manu nospēlēja visu savu NBA karjeru. 2003.,2005., 2007. un 2014. gadā kopā ar ''Spurs'' Manu izdevās kļūt par NBA čempionu. Divas reizes (2005., 2011.) savas karjeras laikā Džinobili tika iekļauts dalībai NBA Visu zvaigžņu spēlē.Džinobili sakarā arī jāpiemin, ka pirms došanās uz NBA 2001. gadā Džinobili kļuva arī par Eirolīgas čempionu Boloņas ''Virtus'' sastāvā un šajā sezonā tika atzīts par Eirolīgas finālu MVP. 2008. gadā Džinobili ieguva NBA sestā laukuma spēlētāja jeb labākā rezervista balvu.Skaidrs, ka lielu daļu savas karjeras Džinobili bija arī izteikts Argentīnas valstsvienības līderis. 2004. gadā Atēnās Džinobili kopā ar Argentīnas izlasi kļuva par olimpisko čempionu, bet četrus gadus vēlāk Pekinā ieguva bronzas medaļu. 2002. gadā Manu arī pasaules čempionāta medaļa (sudrabs).
